W roku 1543, kiedy zbliżający się do kresu swoich dni Mikołaj Kopernik drukował De revolutionibus, młody i genialny brukselczyk Andreas Vesalius (1514–1564) zdecydował się na publikację książki De humani corporis fabrica libri septem.
Tak jak dzieło Kopernika miało zmienić rozumienie wszechświata i naszego w nim miejsca, tak Vesalius miał pokazać nam człowieka, jakiego jeszcze nie znaliśmy. De humani corporis była bowiem pierwszą, prawidłową anatomią, jaką otrzymała ludzkość. Był to prawdziwy wstrząs, który naruszył wydawało się wieczne zasady w medycynie, a nawet szerzej – w naukach przyrodniczych. Swoim traktatem, obnażającym ponad dwieście kardynalnych błędów, jakie popełnił Galen, Vesalius kończył definitywnie ze spekulatywną anatomią starożytności i odrzucał ponad tysiącletnią tradycję. Otwierał tym samym nowy rozdział w dziejach medycyny opartej teraz przede wszystkim na racjonalnych przesłankach, potwierdzonych doświadczeniem badawczym. Tak jak Kopernik, Vesalius w istotny sposób skierował naukę ku nowożytności.
Vesalius był pierwszym, ale nie jedynym. Zakwestionowanie galenowskiego wykładu anatomii wstrząsnęło gmachem medycyny, lecz nauka starożytnego mistrza miała wielu obrońców. Jeśli już nie dało się utrzymać dawnego kształtu anatomii, pozostawała jeszcze nauka o leku, tak przecież fundamentalna i tak powszechnie obecna w leczeniu. Galenowskie zawołanie „lud domaga się leków” traktowano w całej rozciągłości poważnie, przepisując tasiemcowe, wieloskładnikowe recepty.
Temu przeciwstawił się energiczny, nie przebierający w słowach i czynach lekarz, który publicznie spalił dzieła Galena, zrywając jednoznacznie z jego nauką. Teofrastus Bombastus Aureolus von Hohenheim (1493–1541), znany bardziej pod przezwiskiem ukutym przez jego przeciwników jako Paracelsus, odrzucił obowiązujące w farmakognozji zasady. W miejsce ilościowego wprowadził zasadę celowego podawania leku, zasadę, która pozostała obowiązująca po dzień dzisiejszy. Głęboko wierzący, widział świat przepełniony Bogiem, który zsyłając choroby, stworzył także lekarstwa przeciw nim. Remedia te są rozsiane wszędzie w przyrodzie, lecz tylko wprawne oko i umysł są w stanie je odnaleźć, gdyż kryją się one w różnych kształtach i barwach. Były to tzw. arcana, swoiste zagadki Pana Boga, czekające na rozwiązanie przez badacza. Życie dla Paracelsusa rozgrywało się pomiędzy dwoma naturalnymi, gdyż danymi przez stwórcę, stanami zdrowia i choroby. Sama istota życia była skoncentrowana w archeuszu, niematerialnej sile, transmutującej niczym alchemik w tyglu wszystko to, co potrzebne do życia. Był to w istocie, choć nigdy tak nie określony, fizjologiczny obraz procesów życiowych. Nauka Paracelsusa odcisnąć miała ogromne piętno na medycynie, stając się zarzewiem dla całego nowożytnego witalizmu.
Tak jak Vesalius anatomię, a Paracelsus naukę o leku, tak Francuz Ambrois Paré (1509–1590) zmienił dotychczasowe przekonania panujące w kwestii zaopatrywania ran. Galen, który tak wnikliwie potrafił zanalizować rodzaje złamań i odnieść się do sposobów ich opatrywania, popełnił fatalną pomyłkę, uznając zjawisko ropienia ran nie tylko za zgodne z naturą, lecz nawet bardzo pożądane z punktu widzenia procesów leczniczych. Tak powstała nauka o chwalebnym ropieniu ran. Idący od starożytności i utrzymujący się przez średniowiecze pogląd, że rany otwarte i głębokie winno się wypalać lub zalewać gorącym olejem, wydaje nam się skrajnie niedorzeczny. Obowiązywał on jednak powszechnie i był przestrzegany jak najbardziej surowo i rygorystycznie. Paré był tym, który jednoznacznie zaprzeczył sensowności stosowania takich metod i przedstawił przekonujące dowody na to, że kompresy ze środkami ściągającymi znacznie lepiej służą gojeniu niż wrzący olej. Takie były narodziny desmurgii, czyli nauki o leczeniu ran, podstawy dla rozwoju chirurgii.
W epoce renesansu medycyna ogólna zyskała podstawy w rzetelnej anatomii i nowoczesnej nauce o leku, chirurgia zaś uczyniła pierwszy krok w swej drodze do nowoczesności. Kiedy w XVII w. za sprawą Francisa Bacona i René Descartes’a dokona się w nauce prawdziwa rewolucja, medycyna będzie gotowa na te przemiany.