Większość swego dorosłego życia Mikołaj Kopernik spędził na Warmii. Stanowiła ona uposażenie (dominium) biskupa warmińskiego i kapituły, a obejmowała obszar ok. 4250 km², który zajmował mniej więcej 1/3 powierzchni całej diecezji warmińskiej wyznaczonej przez legata papieskiego Wilhelma z Modeny w 1243 r.

Duże znaczenie dla uformowania się osobowości i zainteresowań Kopernika miał jego wieloletni pobyt w Lidzbarku Warmińskim. Okres szczególnie silnych związków astronoma z tym miastem przypadł na lata 1503–1509.

Powołana w 1260 r. do wspólnych modlitw i niesienia pomocy biskupowi we współzarządzaniu diecezją kapituła we Fromborku nosiła cechy korporacji posiadającej dużą samodzielność nie tylko w organizowaniu działalności kościelnej czy życia wewnętrznego, ale i doborze swoich członków oraz treści statutów, uchwalanych wspólnie z ordynariuszem. 

W końcu 1510 r. Kopernik zamieszkał na wzgórzu katedralnym, dominującym w panoramie Fromborka, miasteczka liczącego na początku XVI w. nieco ponad tysiąc mieszkańców.

Z chwilą przejęcia funkcji generalnego administratora (8 XI 1516) Kopernik przeniósł się na zamek olsztyński, który uchodził wówczas za najlepiej bronioną warownię warmińską i tam też w 1502 r. przewieziono dla bezpieczeństwa archiwum kapitulne.

Niewiele wiadomo o życiu prywatnym Mikołaja Kopernika aż do czasu, w którym osiągnął wiek na tyle dojrzały, że trudno go posądzać o rozwiązłość.

Na ostatnich latach życia Mikołaja Kopernika negatywnie zaciążył wybór Jana Dantyszka na ordynariusza diecezji warmińskiej i jego przyjazd na Warmię w 1538 r.

Ważnym śladem edukacji i zainteresowań autora De revolutionibus były jego książki. Niestety, większość z nich uległa jednak rozproszeniu lub zniszczeniu.